合作医疗和职工医保在多个方面存在显著差异，主要包括以下几点：
- 资金来源及缴费方式 ：
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职工医保 ：由单位和个人共同缴费，单位按照规定的比例缴纳医疗保险费，个人也需要按照一定的比例缴纳。缴费方式相对稳定，且国家财政也会给予一定的补贴。
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合作医疗 ：主要由农民个人每年缴费，政府也会给予一定的补贴。缴费方式相对灵活，个人可以选择不同的缴费档次，缴费越高，报销比例和报销范围就越高。
- 报销范围 ：
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职工医保 ：可以报销平常生病看门诊、住院的钱，以及一些特殊的治疗方法、进口药和高档的医疗服务。报销比例较高，一般能达到80%甚至90%以上。
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合作医疗 ：报销范围相对较窄，通常只能报销基本的医疗费用，如药品费、手术费、住院费等。一些特殊的医疗项目和高费用项目可能不在报销范围内。
- 报销比例 ：
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职工医保 ：报销比例较高，特别是在一些小病住院的时候，一般能报到80%甚至90%以上。在大城市的三甲大医院，报销比例虽然会少一些，但不会像农村合作医疗降得那么多。
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合作医疗 ：报销比例相对较低，大概在50%到70%之间。如果在乡镇的小卫生院住院，报销比例可能达到70%到80%，但去了大城市的三甲大医院，报销比例可能只有40%到60%。
- 报销限额 ：
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职工医保 ：一年能报的钱较多，几十万甚至更高都有可能，所以生了大病也不用太担心钱不够报。
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合作医疗 ：限额较低，一般也就十几万左右，如果得了特别严重的病，可能到后面就没法再报了。
- 就医方便性 ：
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职工医保 ：由于覆盖范围广，包括基本医疗、住院、门诊等费用，且报销比例和限额较高，就医相对方便。
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合作医疗 ：主要面向农村或欠发达地区，覆盖范围相对较窄，就医可能不如职工医保方便。
- 保险期限 ：
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职工医保 ：累计交满一定年限（如25年）后，可以享受终身医保待遇，不论何时发生医疗费用都可以进行报销。
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合作医疗 ：属于一年期的保险，如果在保险期间内参保人发生了医疗费用，只能获得当年的报销，如果未发生报销情况则第二年会自动清零。
综上所述，职工医保和合作医疗在资金来源、缴费方式、报销范围、报销比例、报销限额和就医方便性等方面存在显著差异。职工医保更适合城镇职工，提供更高的报销比例和更广泛的覆盖范围，而合作医疗则更适合农村居民，缴费较低，覆盖范围相对较窄。建议根据个人实际情况选择合适的医保类型。