职工医保和合作医疗（新农合）是两种不同的医疗保障制度，它们在多个方面存在显著差异：
- 参保对象 ：
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职工医保：主要面向城镇所有用人单位及其职工，包括企业、机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位等。
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新农合：主要针对农村居民，农民自愿参加，政府组织、引导、支持。
- 缴费主体和方式 ：
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职工医保：由用人单位和职工共同缴纳，个人缴纳部分通常按月从工资中扣除，单位缴纳部分按月上缴。
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新农合：由个人缴纳和政府补贴共同承担，农民每年需要办理参保缴费手续。
- 保险期限 ：
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职工医保：累计交满25年可以享受终身医保待遇。
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新农合：保险期限为一年，每年需要续交费用才能继续享受医保待遇。
- 报销比例和范围 ：
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职工医保：报销比例较高，一般可达95%，且报销范围包括门诊、住院、买药等。
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新农合：报销比例相对较低，一般在50%-70%之间，且报销范围主要集中在住院医疗费用，异地报销比例可能更低。
- 起付线 ：
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职工医保：起付线较高，在职人员住院起付线一般为1800元，退休人员为1300元。
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新农合：起付线较低，一般自费超过300元即可开始报销。
- 账户设置 ：
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职工医保：设有统筹账户和个人账户，个人账户用于支付小额医疗费用，统筹账户用于住院等大额医疗费用的报销。
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新农合：通常只有统筹账户，没有个人账户。
综上所述，职工医保和合作医疗在参保对象、缴费方式、保险期限、报销比例、起付线和账户设置等方面均有明显的区别。职工医保更适合城镇职工，提供全面的医疗保障和较高的报销比例；而新农合则主要服务于农村居民，缴费较低，保险期限较短，报销比例也相对较低。建议根据个人实际情况选择合适的医疗保障制度。