农村合作医疗保险（新农合）的住院报销流程如下：
- 直接刷卡报销 ：
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参保患者凭有效证件（身份证、医疗卡）在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构可直接刷卡报销。
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在区内及区外市内定点医疗机构住院，出院结账时也可直接刷卡报销。
- 窗口报销 ：
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对于在市外二级及以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，携带以下材料到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用：
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医疗费用原始发票
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住院医疗费用汇总明细清单
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出院小结
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门诊病历
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医疗卡
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患者身份证
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户口簿
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经办人身份证。
- 特殊病种门诊报销 ：
- 参保患者若需特殊病种门诊报销，可持二级及以上定点医疗机构出具的病例及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料，以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》，向新农合业管中心提出申请。经审核批准后，其门诊医药费用可列入新农合基金的报销范围，按住院报销标准以年度为单位进行报销。
- 异地就医报销 ：
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在外地住院治疗的参保患者，需先向当前住院医院申请开具转诊证明，并加盖医院公章。
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携带转诊证明前往当地社保局或医保管理部门办理跨省就医手续，并明确就医的城市及医院名称。
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在异地定点医院接受治疗时，可能需要先自行垫付医疗费用。出院时，若当地支持新农合异地结算，可直接在医院办理报销手续，报销原则为多退少补。若不支持，则需携带相关材料返回参保地办理报销。
- 报销比例 ：
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报销比例根据就诊医院的等级而有所不同：
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镇级卫生院：住院报销60%，门诊报销40%。
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二级医院：住院报销40%，门诊报销30%。
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三级医院：住院报销30%。
- 起付线和封顶线 ：
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一级定点医疗机构起付线为100元，超过部分按65%报销。
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三级定点医疗机构不设起付线，报销比例根据分段补偿进行计算，总封顶线为每人每年累计40000元。
建议在报销前咨询当地社保工作人员，确保手续完备，避免因资料不全导致报销受阻。