农村合作医疗个人账户的资金在年底不会清零 。具体来说,从2018年开始,农村合作医疗开设了个人社保账号,并办理了社保卡,这意味着农村合作医疗从这一年开始不会再出现年底清零的现象。如果农村合作医疗费用在当年有剩余,可以结转到下一年继续使用。如果哪年断交农村合作医疗,那么接着再交农村合作医疗时,必须补交上一年的农村合作医疗费用,包括个人部分以及国家补贴的部分。
此外,农村医保分为门诊统筹和家庭账户两部分,家庭账户的资金可以滚动使用,不会因为年度结束而清零。新农合的年度结算通常在年底进行,未使用的个人账户资金可以滚存至下一年度,不会清零。
因此,可以明确地回答,农村合作医疗个人账户的资金在年底不会清零,未使用的资金可以结转到下一年继续使用。