农村合作医疗（简称“农合”）的资金主要交到 地方县级新农合管理办公室 。具体流程如下：

1. 个人出资部分 ：一般直接交给村集体或乡村医生，由医生负责代缴至地方县级新农合管理办公室。

2. 政府出资部分 ：由各级财政部门划拨至地方县级新农合管理办公室的账户。

这些资金汇成一个“大池子”，用于为参保农民提供医疗保障。资金的使用包括但不限于以下几个方面：

1. 住院报销 ：当农民生病住院时，可以从这个资金池中取出钱进行报销。

2. 门诊补偿 ：一部分资金用于农民的门诊补偿，当农民在定点医疗机构看门诊时可以获得一定比例的费用报销。

3. 村卫生室升级 ：部分资金用于村卫生室的升级和维护。

4. 慢性病管理补贴 ：还有一些资金用于慢性病管理补贴。

5. 医疗机构服务费用 ：新农合基金按照一定的标准向医疗机构支付费用，保证医疗机构的正常运转。

此外，新农合的资金管理非常严格，实行收支两条线，确保专款专用。各级财政部门、审计机关和社会保险监督机构会定期或不定期对其进行监督检查，确保资金的安全和有效使用。未使用的资金不会简单地以现金形式退还给个人，而是滚存到下一个财政年度的基金池中，以保障新农合计划的长期稳定和整体资金的流动性。

综上所述，农合的钱并没有“消失”，而是通过合理的资金流动和管理，为参保农民提供全面的医疗保障服务。