有冲突
公司社保（特别是其中的医疗保险部分）和新农合（新型农村合作医疗保险）之间存在冲突。这是因为两者都属于医疗保障体系，但针对的人群和提供的保障范围有所不同。
- 保障对象不同 ：
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新农合主要面向农村居民，提供基本的医疗保障。
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社保覆盖所有劳动者，包括城镇居民和农村居民（在城镇就业的农村居民应参加职工社保），并提供包括医疗、养老、工伤、失业和生育在内的全方位保障。
- 法律规定 ：
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国家规定不得重复参保和享受待遇。如果员工已经参加了新农合，那么在参加职工医保时，需要先退出新农合。
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《社会保险法》明确规定，用人单位有义务为其职工缴纳社会保险，这是用人单位的法定义务，具有国家强制性。这一义务不因职工已参加其他保险（如新农合）而免除。
- 报销原则 ：
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社保和新农合在报销医疗费用时，只能选择使用其中一种，不能重复享受待遇。
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新农合价格相对便宜，可报销额度也少一些；职工医保虽然贵点，但待遇更好，建议有条件的劳动者尽量选择参加职工医保。
综上所述，公司社保和新农合之间存在明显的冲突，主要体现在保障对象、法律规定和报销原则上。为了避免冲突，劳动者在已经参加新农合的情况下，应选择参加职工医保，并退出新农合。同时，用人单位也应依法为员工缴纳社保，以保障员工的全面权益。