农村合作医疗（新农合）和社会保障卡（社保卡）之间存在以下主要区别：
- 缴纳费用 ：
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农村合作医疗（新农合）的缴纳费用较低，一年几百元。
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社会保障卡的缴纳费用较高，一年几千甚至上万。
- 包含项目 ：
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农村合作医疗（新农合）仅包含医疗保险。
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社会保障卡（社保卡）包含医疗保险、养老保险、失业保险、工伤保险和生育保险。
- 缴费方式 ：
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农村合作医疗（新农合）由参保人个人负担全部费用。
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社会保障卡（社保卡）由职工和用人单位共同承担费用。
- 管理系统 ：
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农村合作医疗（新农合）由卫生局管理。
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社会保障卡（社保卡）由社保系统管理。
- 报销方式 ：
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农村合作医疗（新农合）的报销通常需要在参保人所在县区的基层医疗机构使用，不能像社保卡一样随时刷卡。
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社会保障卡（社保卡）的报销更为便捷，可以在各个区域随时进行，跨区域看病需要先备案，再自费后报销。
- 功能和使用 ：
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社会保障卡（社保卡）功能更为全面，除了医保功能外，还可以用于领取失业金、养老金等，并且具有更高的安全系数，采用全国统一的三层密钥管理体系。
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农村合作医疗（新农合）卡仅限于医保功能，功能相对单一。
- 适用人群 ：
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农村合作医疗（新农合）主要针对农村人口。
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社会保障卡（社保卡）适用于所有职工和城乡居民。
- 政策变化 ：
- 随着政策推进，农村合作医疗（新农合）将与城镇居民医保合并，统称为城乡居民医保，农村人口的医保待遇将得到提升。
综上所述，农村合作医疗和社会保障卡在缴纳费用、包含项目、缴费方式、管理系统、报销方式、功能和使用以及适用人群等方面存在显著差异。建议根据自身情况选择合适的保险类型，并了解相关政策的变化以更好地享受保障。