农村合作医疗（新农合）和城乡居民医疗保险（城居医保）的主要区别在于 覆盖人群、报销比例和医药目录 。
- 覆盖人群 ：
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新农合 ：主要针对农村居民，要求拥有农村户口。
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城居医保 ：主要针对城镇户籍的居民，包括没有参加城镇职工医疗保险的城镇未成年人和没有工作的居民。
- 报销比例 ：
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新农合 ：在乡镇医院的报销比例较高，但在市级医院的报销比例较低，最高封顶也比城居医保少。
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城居医保 ：报销比例相对较高，尤其是在大医院的报销比例比新农合高。
- 医药目录 ：
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新农合 ：可报销的医药目录比城居医保少。
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城居医保 ：医药目录更广，能够覆盖更多的药品和治疗项目。
- 统筹层次 ：
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新农合 ：统筹层次较低，通常为县级统筹，需要逐级转诊才能在大医院就医。
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城居医保 ：统筹层次较高，通常为地市级统筹，可以在全市范围内选择定点医疗机构就医。
- 管理部门 ：
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新农合 ：多数地方由卫生部门管理。
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城居医保 ：主要由人社部门管理。
- 保障待遇 ：
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新农合 ：主要保障农民的基本医疗需求，门诊待遇水平总体要高于城居医保。
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城居医保 ：保障待遇更为全面，包括住院、门诊大病和普通门诊，住院及门诊大病待遇通常高于新农合。
总结：
新农合和城居医保的主要区别在于覆盖人群、报销比例、医药目录、统筹层次、管理部门和保障待遇。新农合主要针对农村居民，报销比例和医药目录相对较低，而城居医保则覆盖城镇户籍居民，报销比例和医药目录较高，且统筹层次和管理部门也有所不同。两者已经于2016年整合为统一的城乡居民基本医疗保险制度。