农村合作医疗（新农合）和城乡居民医保的主要区别体现在以下几个方面：
- 参保对象 ：
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新农合 ：主要针对农村户籍居民。
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城乡居民医保 ：覆盖城镇户籍和农村户籍的居民。
- 管理部门 ：
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新农合 ：多数地方由卫生部门管理。
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城乡居民医保 ：主要由人社部门管理。
- 缴费标准 ：
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新农合 ：缴费标准相对较低。
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城乡居民医保 ：缴费标准相对较高。
- 报销比例 ：
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新农合 ：报销比例在10%-80%不等，且在乡镇医院报销比例较高，在市级医院平均报销比例比城镇医保低10%-20%，最高封顶也比城镇医保少。
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城乡居民医保 ：报销比例通常较高，具体比例根据医院等级不同而有所差异，一般可以达到50%左右，逐级转院的情况下报销比例可达70%左右。
- 报销范围 ：
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新农合 ：可报销的医药目录比城镇医保少，主要集中在住院和门诊费用。
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城乡居民医保 ：报销范围较广，包括门诊、住院、大病等医疗费用。
- 保障待遇侧重点 ：
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新农合 ：在乡镇医院的报销比例较高，门诊待遇水平总体要高于城镇居民医保。
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城乡居民医保 ：更侧重于住院和门诊大病，保障待遇相对较高。
- 整合政策 ：
- 新农合 ：与城镇居民医保整合后，实行统一的参保政策、报销待遇和报销流程。
综上所述，新农合和城乡居民医保在参保对象、管理部门、缴费标准、报销比例、报销范围和保障待遇侧重点等方面存在明显差异。随着政策的整合，两者的差异正在逐步缩小，但仍有各自的特点和优势。建议根据个人户籍和实际情况选择合适的医保类型。