合作医疗和职工医保的主要区别包括：
- 覆盖对象不同 ：
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职工医疗保险：覆盖城镇所有用人单位及其职工，包括企业、机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位等。
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新型农村合作医疗（新农合）：必须要有农村户口才可以办理。
- 缴费主体不同 ：
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职工医疗保险：由国家立法强制规定，由用人单位和职工共同缴纳基本医疗保险费。
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新农合：由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资。
- 缴费方式不同 ：
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职工医疗保险：单位和个人按月共同缴纳，个人缴纳部分通常为本人工资收入的2%，单位缴纳部分约为职工工资总额的6%。
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新农合：农民个人每年缴纳一定费用，政府还会给予一定补贴。
- 保险期限和报销比例不同 ：
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职工医疗保险：累计交满25年可以享受终身医保待遇，报销比例通常在70%-90%之间，且报销范围包括门诊、住院、买药等。
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新农合：保险期限为一年，每年交一次费用，报销比例约为50%-70%，且报销范围主要是住院医疗费，有些特殊治疗和进口药可能不在报销范围内。
- 价格不同 ：
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职工医疗保险：费用较高，一年在几千元左右。
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新农合：费用较低，每年几百元左右。
- 管理和待遇不同 ：
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职工医疗保险：通常由用人单位或社会保险机构管理，待遇较为全面，包括基本医疗、住院、门诊等费用。
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新农合：由地方政府或农村合作医疗机构管理，待遇相对较窄，主要解决农民的基本医疗保障问题。
综上所述，职工医保和合作医疗在覆盖对象、缴费主体、缴费方式、保险期限、报销比例、价格和管理等方面都有明显的区别。职工医保更适合城镇职工，提供较为全面的医疗保障；而新农合则主要服务于农村居民，缴费较低，保障范围相对有限。建议根据个人实际情况选择合适的医疗保险。