农村合作医疗（新农合）在城市无法使用的主要原因包括：

1. 统筹层次较低 ：新农合主要以县为单位进行统筹管理，尚未实现跨县或跨地区的联网结算。因此，新农合的医疗卡或证通常只能在县级及以下的新农合定点医院使用，无法直接在城市中的医院使用。

2. 联网结算问题 ：由于各省、市的政策不同，且医疗机构与农村合作医疗管理机构之间的联网系统尚未完全建立，导致在外地住院时，患者需要先垫付医疗费用，然后携带相关手续回当地新农合管理机构进行报销。

3. 政策限制 ：新农合的政策规定，患者需要在户籍地本市辖区内使用，且必须是定点医疗机构才能使用。如果离开户籍地到其他行政区看病，需要先回到参保户籍地的农合办进行备案，才能享受一定的报销优惠。

4. 报销流程复杂 ：新农合的报销流程繁琐，需要准备大量的材料，审批时间长，有时甚至需要等待数月才能拿到报销款项。这种不确定性使得很多急需用钱治病的家庭感到焦虑和无助。

5. 认知度不足 ：许多农民对新农合的认知度不足，缺乏参保意识，导致他们选择不交合作医疗。

6. 经济负担与保障水平不匹配 ：尽管新农合的初衷是减轻农民的医疗负担，但对于一些经济条件较差的家庭来说，每年数百元的保费仍然是一笔不小的开支。特别是在遇到重大疾病时，即使有报销，自费部分仍然可能高达数万元。

综上所述，农村合作医疗在城市无法使用的主要原因是其统筹层次较低，未实现全国范围内的联网结算，以及政策限制、报销流程复杂、认知度不足和经济负担与保障水平不匹配等多方面因素共同作用的结果。