要停止参加农村合作医疗并在单位交社保，您可以按照以下步骤操作：
- 停止参加农村合作医疗 ：
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前往当地的村委会或者农村合作医疗经办机构，向工作人员申请停止参加农村合作医疗。
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提供必要的材料，如身份证、户口本、农村合作医疗证等。
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签署停止协议，并向工作人员说明停止的原因和具体时间。
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提交申请后，等待一段时间处理完成。一般情况下，停止参加农村合作医疗的时间要在一个月以后。
- 办理职工社保 ：
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将《个人与单位解除劳动合同证明》、《养老保险手册》及其《单位职工养老保险缴纳增减人员登记表》一并提交当地人力资源和社会保障局或社会保险中心，办理减员手续，即从该公司的社保账户里将停保人减去。
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办理医疗保险关系转移申请，凭转出地经办机构出具的《参保（合）凭证》以及原参保地医疗保险缴费凭证，填写转移申请表，到市社保基金结算中心办理医疗保险关系和个人账户转移手续。
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完成医保关系和个人账户转移手续后，就可以继续参加职工医保了。
- 注意事项 ：
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在办理转移手续前，必须提供新地方的人力资源和社会保障局的详细地址、单位名称、开户行名称、银行帐号等相关手续给以自谋职业者缴费的服务中心。
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尽管参与职工社会保险并不强制要求注销新农合，但鉴于两者在医疗保险方面的冲突和报销原则，一般建议在加入职工社会保险后，停缴新农合。
通过以上步骤，您可以顺利地从农村合作医疗转为职工社保。建议您提前咨询当地社保部门或相关机构，了解具体的操作流程和所需材料，以确保办理过程顺利。