社保医疗和合作医疗的主要区别体现在以下几个方面：
- 参保对象 ：
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社保医疗 ：主要针对在职职工或城镇居民，是用人单位和职工共同缴纳的强制性社会保险制度。
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合作医疗 （新型农村合作医疗保险）：主要针对农村户口居民，必须以家庭为单位整户参加，是农民自愿参加的。
- 缴费方式 ：
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社保医疗 ：由用人单位和职工共同缴纳，是强制性的。
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合作医疗 ：由农民个人每年自愿缴费，政府可能提供一定的资助。
- 保障期限 ：
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社保医疗 ：要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇。
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合作医疗 ：通常是一年一交费，一年一参合，参合本年度享受报销。
- 报销比例和范围 ：
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社保医疗 ：报销比例较高，覆盖范围广，包括住院、门诊等多个方面，且通常有个人医保账户。
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合作医疗 ：报销比例较低，主要集中在医疗费用的报销，且没有个人医保账户。
- 管理和系统 ：
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社保医疗 ：属于社保系统管理，覆盖城镇所有单位和职工。
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合作医疗 ：由卫生局业务管理，主要针对农村地区的医疗保障。
- 目的 ：
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社保医疗 ：旨在补偿劳动者因疾病风险遭受的经济损失，提供全面的医疗保障。
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合作医疗 ：旨在解决农民“因病致贫、因病返贫”的问题，保障农民的基本卫生服务。
综上所述，社保医疗和合作医疗在参保对象、缴费方式、保障期限、报销比例、管理系统和目的等方面存在显著差异。建议根据个人身份和需求选择合适的医疗保障方式。