农村合作医疗在手机上停保的方法如下：
- 通过微信停保 ：
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打开手机上的微信应用。
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点击底部的“办事”进入相关页面。
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在办事页面中，点击医保右边的“更多”选项。
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进入医保专题页面，点击“城乡居民医保停保减员”。
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选择人员类别并点击进入，然后填写取消原因、停保时间，最后点击“确定”即可完成停保操作。
- 通过支付宝停保 ：
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打开手机上的支付宝应用。
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进入“我的”或“个人中心”页面。
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在“我的”或“个人中心”页面中，找到“健康”或“医疗”相关的选项，点击进入。
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在健康或医疗页面中，找到“农村合作医疗”或“合作医疗”相关的选项，点击进入。
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在农村合作医疗或合作医疗页面中，找到“取消”或“退保”等相关选项，点击进入。
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根据页面提示，填写相关信息和申请理由，提交申请，然后等待相关部门审核和处理。
- 通过官方APP停保 ：
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如果所在地区提供了通过官方APP办理服务的选项，可以下载并登录国家医保服务平台的应用程序。
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在应用程序中，找到“城乡居民暂停参保”功能模块。
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阅读个人承诺书并签字。
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选择“暂停原因”并提交。
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提交成功后，业务办理即刻生效。
建议选择上述方法中的一种进行操作，确保按照页面提示填写准确信息，并在提交申请后耐心等待审核结果。