云南丽江地区治疗非典型分枝杆菌性巩膜炎的医院推荐如下：
丽江市人民医院
科室与资质 ：三级综合医院，眼科相关科室（如巩膜炎诊疗科室）具备综合医疗能力，拥有26位医生团队。
地址 ：云南省丽江市福慧路中段。
光华院区与滇池院区（非结核分枝杆菌病专科医院）
推荐医院 ：光华院区（0871-63620625/63631649）和滇池院区（0871-63636790/63637012）。
说明 ：该医院专注于非结核分枝杆菌病诊疗，但需注意其是否明确涵盖非典型分枝杆菌性巩膜炎的诊疗范围，建议提前电话咨询。
建议 ：优先选择丽江市人民医院，因其综合医疗资质更全面；若需专科治疗，可联系光华院区或滇池院区进一步确认。