农村合作医疗（新农合）在村卫生室不报销的原因可能有多种，以下是一些常见的原因：

1. 资金问题 ：新农合报销需要一定的资金支持，但在一些地方，村卫生室的经费可能不足，无法提供农合报销服务。

2. 医疗设备和技术问题 ：一些村卫生室可能缺乏先进的医疗设备和专业的医疗技术，无法满足新农合的要求，因此无法提供农合报销服务。

3. 行政管理问题 ：新农合的报销需要一系列的行政管理工作，包括资金的申报、审核和结算等。如果村卫生室的行政管理能力不足，也可能导致无法及时报销新农合。

4. 政策调整 ：有时政府可能会对新农合政策进行调整，导致村卫生室不再享受新农合报销的政策待遇。

5. 定点单位问题 ：如果村卫生室不是新农合定点单位，可能无法享受报销政策。例如，村里的小诊所通常无法报销。

6. 报销范围限制 ：新农合门诊报销的范围是有限的，只有在目录内的药品、检查项目和治疗方案才能得到报销。如果选择的治疗方法或药品不在目录内，相应的费用无法被报销。

7. 报销比例限制 ：新农合门诊报销比例较低，只能覆盖部分费用，剩下的部分仍需自己承担。

8. 操作流程问题 ：如果在就诊和报销流程中出现了疏漏或错误，也可能导致报销不成功。

综上所述，村卫生室不报销新农合的原因可能涉及资金、设备、技术、管理、政策、定点单位、报销范围、报销比例和操作流程等多个方面。建议当地卫生部门和相关部门对这些因素进行详细调查，找出具体原因，并采取相应措施加以解决，以确保新农合政策的顺利实施和农民的权益。