一般纳税人销售使用过的机器设备，根据设备购入时间、购入时是否抵扣进项税额等情况，有不同的税务处理方式：
按照适用税率征收增值税
情形：一般纳税人销售自己使用过的、纳入营改增试点之日后取得的固定资产，且该固定资产在购入时已抵扣进项税额。
税率：适用13%的增值税税率。
计算方法：应纳税额=销项税额-进项税额。
发票开具：可以开具增值税专用发票。
按照简易计税方法征收增值税
情形：一般纳税人销售自己使用过的、纳入营改增试点之日前取得的固定资产，或者销售自己使用过的、购入时不得抵扣且未抵扣进项税额的固定资产。
征收率：适用简易办法依照3%征收率减按2%征收增值税。
计算方法：应纳税额=含税销售额÷（1+3%）×2%。
发票开具：不得开具增值税专用发票，但可以开具增值税普通发票。如果需要开具增值税专用发票，只能适用3%征收率，应纳税额=含税销售额÷（1+3%）×3%。
特殊情况
销售外购机器设备同时提供安装服务：如果一般纳税人销售外购机器设备的同时提供安装服务，并且已经按照兼营的有关规定分别核算机器设备和安装服务的销售额，安装服务可以按照甲供工程选择适用简易计税方法计税，按3%征收率计税，也可以选择一般计税方法按照9%适用税率计税。如果未分别核算机器设备和安装服务的销售额，应按混合销售开具13%的增值税发票。
销售纳入营改增试点之日前取得的固定资产：一般纳税人销售自己使用过的、纳入营改增试点之日前取得的固定资产，按照现行旧货相关增值税政策执行，不得开具增值税专用发票。
一般纳税人销售使用过的机器设备时，需要根据设备的具体情况选择合适的税务处理方式，并按照相关规定开具相应的发票。