华西医院未能进入前十的原因是多方面的，以下是一些可能的解释：
-
并入川大前的状况 ：在华西医院并入四川大学之前，它可能在学校内部和其他学校眼中实力较强，但在川大内部，它的学科建设相对较弱，缺乏院士、国家级重点学科和实验室等。
-
身份转变 ：华西医院的身份从卫生部直属高校降为省属高校，这导致其经费和地位受到影响。作为省属高校，其经费需要向省里申请，金额少且难度高。
-
与卫生系统的关系 ：华西医院与省卫生系统的关系不佳，这可能影响了其在医疗资源分配和影响力方面的地位。
-
一家独大的问题 ：华西医院在西南地区的医疗资源中占据主导地位，但这种一家独大的情况可能导致了成都乃至四川整体医疗水平的提升受限，影响了其在与其他城市医疗水平竞争中的地位。
-
其他医院的竞争 ：北京协和医院和四川华西医院未能进入前一百，这可能是因为其他医院如北京协和医院在医学教育和科研方面的综合实力更强，或者是因为其他医院在某些特定领域有更强的优势。
综上所述，华西医院未能进入前十的原因是多方面的，包括学科建设、身份转变、与卫生系统的关系、地区医疗资源分配以及与其他医院的竞争等。这些因素共同作用，可能导致了华西医院在综合排名上的不足。