北京大学口腔医院在多个城市与多家医院建立了合作关系，具体的合作医院如下：
- 保定市第二医院 ：
- 合作关系 ：帮扶医院、签署远程医疗合作协议书、加入“北京大学口腔医院口腔医学数字技术研究与应用联盟”、签署《国家口腔疾病临床医学研究中心合作协议》。
- 贵阳市口腔医院（贵州大学口腔医院） ：
- 合作关系 ：签署医联体合作协议，推动北京优质医疗资源向贵州扩容下沉。
- 四川大学华西口腔医院 ：
- 合作关系 ：共同成为国家口腔医学中心的主体，形成错位发展、优势互补的模式。
- 上海交通大学医学院附属第九人民医院 ：
- 合作关系 ：共同成为国家口腔医学中心的主体。
- 海淀区口腔专科医联体成员单位 ：
- 合作关系 ：包括北京大学第三医院、首都医科大学附属北京世纪坛医院、中国人民解放军总医院第八医学中心、航天中心医院、北京市海淀医院、北京市中西医结合医院等40家理事单位。
- 呼和浩特市口腔医院（内蒙古自治区口腔医院） ：
- 合作关系 ：成为北京大学口腔医院京外紧密型口腔专科医联体的成员。
- 青岛市口腔医院 ：
- 合作关系 ：签署学科发展联合体签约揭牌仪式。
这些合作关系涵盖了帮扶、合作研究、医联体建设等多种形式，旨在提升各地口腔医疗服务的整体效能，推动分级诊疗制度的实施，并促进优质医疗资源的均衡分布。