根据权威信息源，四川南充地区治疗结膜炎的医院推荐如下：

一、综合推荐医院

1. 南充市中心医院

   优势 ：三级甲等综合医院，眼科设备齐全，年门诊量达2万人，曾多次与华西医院等进修，擅长角膜病、眼表疾病诊疗。

2. 川北医学院附属医院

   优势 ：三级甲等综合医院，眼科拥有准分子激光设备，可开展斜视矫正术等，科研实力强。

3. 南充市中医医院

   优势 ：三级甲等中医医院，擅长运用中医药治疗结膜炎，是川北医学院附属医院实习基地。

二、其他可选医院

• 南部县人民医院 ：政府办综合医院，眼科基础诊疗能力较强。

• 阆中市人民医院 ：区域医疗中心，眼科服务覆盖周边县市。

三、选择建议

• 细菌性结膜炎 ：优先考虑川北医学院附属医院或南充市中心医院，其设备与技术更先进。

• 中医治疗 ：南充市中医医院为特色选择，适合偏好传统疗法的患者。