罕见病医保报销比例因地区、病种、医保类型等因素而有所不同，以下是部分地区的相关政策：
安徽省
基本医疗保险：18周岁（含）以下苯丙酮尿症及四氢生物蝶呤缺乏症的罕见病患者，在省内省级或市级妇幼健康服务机构门诊就诊，其医药及专用食品费用纳入基本医保报销范围，不设起付线，报销比例为65%，年度报销限额2万元。
大病保险：对于国家《第一批罕见病目录》《第二批罕见病目录》中收录的部分罕见病病种，目前特殊治疗药品尚未纳入基本医疗保险药品目录范围的，罕见病患者在定点医疗机构发生的符合药品法定适应症或有临床循证医学证据的门诊或住院合规罕见病药品费用，大病保险基金实行单行支付。统一起付线为2万元，起付线以上部分继续执行大病保险分费用段按比例报销。
深圳市
基本医保：对纳入国家医保药品目录的罕见病药品全部落实基本医疗保障待遇，如诺西那生钠注射液经深圳基本医保报销90%后，每针实际支付仅3000余元。
门诊特定病种保障：将血友病、肺动脉高压、多发性硬化症等7种罕见病纳入门诊特定病种保障，由医保基金给予更高比例、更高限额保障，最高报销90%。
大病保险：2023年10月后，深圳医保新增了大病保险，对参保患者的高额医疗费用给予“二次报销”，最高报销100万元。
其他地区
部分地区门诊慢特病管理：对于纳入门诊慢特病管理的19种罕见病来说，医保政策范围内报销比例约70%-80%。
国家层面：根据《2024年中国罕见病行业趋势观察报告》统计，目前，64种罕见病的112种药物已纳入医保，其中甲类药物17种，乙类药物95种。甲类药物能够全额报销，乙类药物需要自付一部分，报销一部分，报销比例因各地政策和药物有所不同，门诊和住院用药也不相同，门诊用药普遍报销比例较低，住院治疗通常报销50%-70%。
综上所述，罕见病医保报销比例受多种因素影响，不同地区和病种的报销政策存在差异。患者应关注当地医保部门发布的最新政策，以获取准确的报销信息。