农民住院合作医疗报销一般有以下流程：
一、就医时的登记
选择定点医疗机构
农民在需要住院治疗时，应优先选择当地新农合（新型农村合作医疗）定点医疗机构。这些定点医疗机构与新农合管理部门有合作关系，方便进行医疗费用的结算和报销。例如，在乡镇卫生院、县级医院等大多数基层医疗机构都是定点机构。
入院登记
患者或其家属在入院时，要及时告知医护人员参加新农合的情况。医院会要求提供新农合参合凭证（如参合证、卡或身份证等），并进行登记。这是报销流程的起点，登记信息会传输到新农合管理系统，为后续报销做准备。
二、出院结算
即时结算（在定点医疗机构）
许多定点医疗机构已经实现了即时结算。患者出院时，医院会根据新农合的报销政策，直接扣除可以报销的部分，患者只需缴纳自己应该承担的费用（如自付的起付线部分、自付比例部分和完全自费部分）。
例如，某农民在县级定点医院住院，总费用为 10000 元，起付线为 500 元，报销比例为 70%。那么他需要先自付 500 元起付线，剩下的 9500 元按照 70% 的比例报销，可报销 6650 元，患者实际只需支付 10000 - 6650 = 3350 元。
非即时结算（非定点医疗机构等情况）
如果患者在非定点医疗机构住院，或者由于其他原因（如系统故障等）不能即时结算，患者需要先全额垫付医疗费用。然后收集好相关的报销材料，如住院发票、出院小结、费用明细清单、参合证（或卡）等。
出院后，患者或其家属要将这些材料带到当地的乡镇新农合管理中心或县级新农合报销窗口进行报销。报销窗口的工作人员会对材料进行审核，审核通过后，计算出可报销的金额，并将报销款发放给患者。
三、报销比例和范围
报销比例
不同级别医疗机构的报销比例不同。一般来说，基层医疗机构（如乡镇卫生院）报销比例较高，可能达到 80% - 90% 左右；县级医疗机构报销比例稍低，一般在 60% - 70%；市级及以上医疗机构报销比例可能在 40% - 50% 左右。这是为了鼓励农民在基层就医，合理利用医疗资源。
报销范围
包括符合当地新农合报销目录的药品、诊疗项目和服务设施费用。例如，基本药物目录内的药品、常规的检查项目（如血常规、X 光检查等）和病房的基本服务设施费用（如床位费等）可以报销。而一些进口药品、美容整形项目、高档病房的超出标准的床位费等通常不在报销范围内。
不同地区的具体报销政策可能会有所差异，农民在就医前可以向当地的新农合管理部门咨询详细的报销规定。
