合作医疗在外地住院报销的流程如下：
前期准备
办理转诊备案 ：在住院前，需在当前住院医院寻求副主任级别以上的医师开具转诊证明，并加盖医院医务部公章。然后携带转诊证明前往当地社保局或医保管理部门，办理跨省就医的相关手续，明确标注跨省就医的城市及医院名称。
了解政策差异 ：不同地区的合作医疗政策存在差异，包括报销比例、起付线等。在就医前，最好咨询参保地的医保部门，了解具体的报销政策和要求。
就医期间
选择定点医疗机构 ：在外地就医时，应选择合作医疗的定点医疗机构，这样才能确保享受报销待遇。
自行垫付费用 ：在部分地区尚未实现新农合异地结算的情况下，患者需自行垫付医疗费用。
出院结算
直接结算 ：如果就医地已经实现新农合异地结算，出院时可直接在医院进行医疗费用报销，报销原则遵循多退少补。
准备材料 ：如果需要回参保地报销，出院后要妥善保管好相关的医疗费用票据、病历、诊断证明、费用清单等材料。
回参保地报销
提交材料 ：回到参保地后，携带上述材料前往当地的农村合作医疗管理部门或指定的报销窗口申请报销。
审核与报销 ：工作人员会对提交的材料进行审核，审核通过后，报销的费用会按照规定的比例打入患者提供的银行账户。
需要注意的是，未按规定办理异地手续的，在全国联网结算医院发生的符合政策规定的住院医疗费，个人首先负担 40%，剩余部分按照参保地三级医院报销政策审核结算。