重医附一院和重医附二院各有其优势，具体选择哪家医院更好，需要根据患者的具体需求和病情来判断。以下是两所医院的一些比较：
- 整体实力 ：
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重医附一院 ：被认为是重庆一流最高水平的医院之一，与西南医院差不多同一个级别，但在某些领域如肝病方面，心血管方面附二院更为出色。
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重医附二院 ：在消化内科方面非常强，尤其是在全国消化内科排名前十，有专门的肝病研究中心，并且自己出了一个期刊杂志。
- 专科优势 ：
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重医附一院 ：眼科是一个融合临床教学科研为一体的综合性学科，拥有雄厚的技术力量，在国内有较高的声望。
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重医附二院 ：感染病科、神经内科、心血管内科、呼吸内科、肾内科、老年病科、妇产科等科室较为出色，尤其是感染病科升级了设备和服务，单独设立了一栋感染与肝病中心。
- 患者评价 ：
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重医附一院 ：有患者反映其医德较好，整体服务质量较高。
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重医附二院 ：有患者反映存在乱收费的情况，且某些科室的治疗效果不佳。
- 地理位置 ：
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重医附一院 ：位于沙坪坝区，交通便利，周边医疗资源较为丰富。
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重医附二院 ：位于渝中区，且有江南院区位于南岸区，交通便利性较差，但江南院区的设施较为现代化，提升了就医体验。
建议
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如果患者在消化内科、肝病或心血管方面有较大需求，且对医院的整体实力和服务质量有较高要求，可以考虑重医附二院 。
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如果患者在眼科方面有较高需求，或者对医院的医德和服务质量有较高要求，可以考虑重医附一院 。
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如果患者对地理位置和交通便利性有较高要求，且对医院的整体实力和服务质量有较高要求，可以考虑重医附一院 。
最终选择哪家医院，建议患者根据自身病情和需求，结合医院的专科优势和患者评价，进行综合考虑和选择。