在昆明，有多家医院在肠道疾病治疗方面具有良好的口碑和专业能力。以下是一些推荐的医院：

1. 昆明医科大学第一附属医院 ：该医院在肠胃疾病治疗方面医疗设施齐全，拥有丰富的治疗经验。

2. 昆明医科大学第二附属医院 ：该医院肠胃疾病医疗储备人员丰富，对肠胃疾病有独到的见解和优势。

3. 云南省肿瘤医院 ：作为专业的肿瘤医院，它在肠胃疾病治疗方面也有显著成绩。

4. 昆明医博肛肠医院 ：该医院在肠炎治疗领域有深厚的积淀和卓越的成绩，拥有专业的肛肠专家团队和先进的检查设备。

5. 昆明东大肛肠医院 ：作为昆明市知名的肛肠专科医院，它在肛肠疾病方面的专业性和高效诊疗获得了广泛好评。

6. 云南中医胃肠病医院 ：这家专科医院在昆明有口皆碑，医护人员友善，专业性强。

7. 新医诚医院肠道微生态诊疗中心 ：该中心位于昆明市西山区，提供专业的肠道微生态诊疗服务。

根据以上信息，昆明医科大学第一附属医院、昆明医科大学第二附属医院和云南省肿瘤医院在肠胃疾病治疗方面都有很高的声誉。如果考虑肛肠疾病，昆明医博肛肠医院和昆明东大肛肠医院是不错的选择。云南中医胃肠病医院则是一家专业的中医胃肠病治疗机构。新医诚医院的肠道微生态诊疗中心也是一个新兴的专业机构，值得关注。

建议您根据具体病情和需求，选择合适的医院进行详细检查和治疗。