高通量透析器虽然能有效清除大分子及中分子毒性物质，但也存在一些缺点，具体如下：
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反超滤现象 ：由于高通量透析器的滤过系数大，滤器膜孔大，水和溶质非常容易通过。当血液侧的压力低时，由于透析液流量大，透析一侧压力大于血液侧，从而出现反超滤现象，使透析患者透析后的体重反而增加。
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内毒素入血 ：高通量透析器的孔径大，内毒素相对容易通过透析器的膜进入血液而引起患者出现发热反应。
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低血压的发生率增高 ：高通量透析容易使大量的水和溶质快速滤出，从而增加了发生低血压的风险。同时，也使营养物质如蛋白质和氨基酸丢失，从而加重低血压的发生率。
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脱水效率下降 ：高通量透析常采用较大孔径的滤器，水可以快速在其中进入或者出去，容易导致脱水效率下降，甚至无法脱水。
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营养丧失 ：因为滤器孔径比较大，营养物质容易被排出，导致病人营养不良。
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对药物浓度的影响 ：高通量透析对药物的清除与药物的理化特性、膜的通透性有关，透析后应注意调整和补充清除的药物。
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透析器复用问题 ：高通量透析器价格昂贵，为了降低透析费用，美国大部分透析中心复用高通量透析器。然而，复用后可能导致溶质清除率下降，失去高通量透析的意义。
综上所述，高通量透析器在提高毒素清除效率的同时，也带来了一些副作用和并发症的风险。医生在选择和使用高通量透析器时，需要综合考虑患者的病情和需求，以制定**的透析治疗方案。