广东惠州治疗基质性角膜炎的医院中，以下几家医院在治疗角膜炎方面具有较高的声誉和专业水平：

中山大学中山眼科中心

• 地址：广州市天河区珠江新城金穗路7号（珠江新城院区）|广州市越秀区先烈南路54号（区庄院区）
• 特色：全国医院综合实力排行榜第65位，集医疗、教学、科研为一体，拥有95位收录医生。

汕头大学·香港中文大学联合汕头国际眼科中心

• 地址：广东省汕头市金平区东厦北路(广厦新城)
• 特色：华南区眼科医院排行榜第2名，非营利性参照三级专科医院管理的眼科专科医院，集医疗、教学、科研、防盲、培训为一体。

深圳市眼科医院

• 地址：广东省惠州市江北三新南路20号
• 特色：华南区眼科医院排行榜第3名，深圳市卫生局直属的唯一一家眼科专科医院，以医疗质量为生命线。

广东省人民医院

• 地址：广东省广州市中山二路58号
• 特色：全国治疗基质性角膜炎比较好的医院之一，医疗设施齐全，经验丰富。

请注意，以上排名仅供参考，具体治疗效果可能因个体差异而异。建议在选择医院时，结合自己的实际情况和医生的建议进行综合考虑。