长沙“4·29”特别重大居民自建房倒塌事故的直接原因是 违法违规建设的原五层（局部六层）房屋建筑质量差、结构不合理、稳定性差、承载能力低，违法违规加层扩建至八层（局部九层）后，荷载大幅增加，致使二层东侧柱和墙超出极限承载力，出现受压破坏并持续发展，最终造成房屋整体倒塌 。事发前，在出现明显倒塌征兆的情况下，房主拒不听从劝告，未采取紧急避险疏散措施，是导致人员伤亡多的重要原因。
此外，事故背后还存在以下原因：
-
安全意识淡薄 ：吴奇生、吴志勇父子发现墙面开裂、钢筋弯曲却没有引起重视，违法加高建筑且缺乏安全意识。
-
监管缺失 ：2012年加高至5层，2018年加高到8层，6年时间违规建筑却无人真正监管，整个监管处在空白状态，执法监管走形式走过场，选择性执法，排查整治不认真，对违法违规行为查处不力，监管****、官僚主义酿成悲剧。
-
公职人员不作为 ：望城分局原副大队长刘万全身为国家公职人员，不担当、不作为，执法犯法，推荐虽有资质却无鉴定能力的工程质量检测公司参与质检。
-
违法违规建设 ：房主无视法律法规，肆意违法违规建设、加层扩建和用于出租经营。
-
风险隐患排查治理不认真 ：当地党委政府及其有关部门组织开展违法建筑整治、风险隐患排查治理不认真不负责，有的甚至推卸责任、放任不管，造成重大安全隐患长期未得到整治。
综上所述，长沙“4·29”特别重大居民自建房倒塌事故是一起因房主违法违规建设、加层扩建，监管缺失，公职人员不作为，以及风险隐患排查治理不认真等多方面原因共同导致的特别重大生产安全责任事故。