广东省深圳市治疗格子状角膜营养不良的三甲医院推荐如下：

1. 深圳市第三人民医院眼科

• 优势 ：广东省重点专科，眼科诊疗设施完善，拥有感染病国家临床重点专科等国家级平台，综合医疗资源丰富。

• 特色 ：擅长角膜病诊疗，包括角膜移植、巩膜镜验配等。

2. 南方医科大学珠江医院眼科

• 优势 ：国家级临床重点专科，眼科医疗设备先进，诊疗经验丰富。

• 特色 ：覆盖眼科全领域，尤其在复杂角膜疾病治疗方面具有优势。

3. 广州中医药大学第一附属医院眼科

• 优势 ：广东省中医名院，中西医结合诊疗模式突出，适合需要中医调理的病例。

• 特色 ：在角膜营养不良的中医诊疗和康复方面有独特优势。

建议 ：优先选择设备先进、专科齐全的三甲医院（如珠江医院、第三人民医院），若需中医方案可考虑中医药大学第一附属医院。建议提前通过医院官网或专业平台咨询具体治疗方案。