根据权威医疗平台及最新信息，广东深圳治疗线粒体肌病的推荐医院如下：
一、深圳市龙岗中心医院
综合实力 ：公立二甲综合医院，地理位置优越（龙岗大道地铁站旁）
特色科室 ：耳鼻咽喉科分院在相关领域具有较强诊疗能力。
二、深圳市妇幼保健院
综合实力 ：公立综合医院，妇幼保健领域优势明显
适用性 ：若患者需兼顾母婴健康与线粒体肌病治疗，可优先考虑。
三、深圳市第六人民医院
综合实力 ：公立综合医院，多科室协同诊疗
权威性 ：在深圳地区具有较高认可度，适合线粒体肌病相关诊疗需求。
四、其他参考建议
若需全国性权威医院经验，可参考上海市第六人民医院、中国医科大学附属盛京医院等，但需结合深圳本地就医便利性选择。
注 ：建议通过医院官网或官方渠道核实最新科室设置及专家信息，以获取准确诊疗建议。