北京市通州区第二医院和北京市大兴区人民医院在等级、科室设置、医疗设备、医生团队等方面存在较大差异，以下为详细对比：
1. 医院等级
- 北京市通州区第二医院：一级甲等综合医院，是区级综合性医院，主要服务通州区及周边地区的基本医疗需求。
- 北京市大兴区人民医院：三级综合医院，是北京市医保A类医院，同时是首都医科大学大兴教学医院，医疗服务范围更广，承担区域内疑难重症的诊疗任务。
2. 科室设置
北京市通州区第二医院：
- 科室数量较少，设有内科、外科、妇产科、儿科、五官科、中医科、针灸理疗科、皮肤科、牙科等常见科室，能够满足基本的医疗需求。
- 床位数量为230张，职工160余人，其中副主任以上职称15人，主治医师29人。
北京市大兴区人民医院：
- 科室设置更全面，共有68个科室，包括37个临床科室和7个医技科室，市级重点培育学科为心内科，区级重点学科包括妇产科、肿瘤内科和神经内科。
- 医院编制床位1100张，职工超过2200人，其中高级职称251人，博士及以上学历13人。
3. 医疗设备
北京市通州区第二医院：
- 配备有自动血、尿和生化检验设备、CT、彩色B超、HOLTer、500mA/300mA X光机、心电图、胃镜、多功能牵引床等基础医疗设备。
北京市大兴区人民医院：
- 医疗设备更加先进，包括CT、核磁共振（MRI）、直线加速器等高端设备，能够满足复杂疾病的诊断和治疗需求。
4. 医生团队
北京市通州区第二医院：
- 医生团队规模较小，卫生专业技术人员占总数的88%以上，但高资质医生数量有限。
北京市大兴区人民医院：
- 医生团队规模庞大且资质较高，拥有多名博士、硕士及教授、副教授等高级职称人员，具备较强的教学和科研能力。
5. 医院定位与特色
北京市通州区第二医院：
- 定位于区级综合性医院，主要提供常见病、多发病的诊疗服务，适合周边居民的基本医疗需求。
北京市大兴区人民医院：
- 定位于区域医疗中心，承担区域内疑难重症的诊疗、教学和科研任务，适合需要更高级别医疗服务的患者。
6. 总结与建议
- 如果您需要处理常见病、多发病，或者希望选择一家离家较近的医院，北京市通州区第二医院可能更适合。
- 如果您需要更全面的医疗服务，尤其是涉及疑难重症、复杂疾病的治疗，或者希望享受更高水平的医疗资源，北京市大兴区人民医院是更好的选择。
根据您的具体需求选择合适的医院，可以更好地满足您的医疗需求。