山东菏泽的二级甲等医院包括以下几家：
- 菏泽市第三人民医院
- 成立于1971年，初为菏泽地区精神病医院，1985年起向大专科小综合的格局快速发展。是市、区、县城镇职工、居民基本医疗保险定点医院，市工伤保险定点医院，市、区生育保险定点医院，县、区新型农村合作医疗定点医院。
- 菏泽市第二人民医院
- 始建于1971年，是一所以外科、妇产科为突出特色，内科、儿科全面发展的大型综合性医院。医院占地面积37亩，医务人员521人，编制床位600张，实际开放360张。设有普内科、神经内科、胸外科、普外科、泌尿外科、骨一科、骨二科、神经外科、妇产一科、妇产二科、儿科、眼科、口腔科、耳鼻喉科、疼痛科等临床科室和CT室、病理科、放射科、检验科、特检科、内窥镜室等辅助科室。
- 菏泽市传染病医院
- 始建于1953年，是全市唯一的一所治疗传染病的专科医院。占地面积42000平方米，建筑面积11000平方米，开放病床200张，现有卫生技术人员146人，其中高级职称20余人，中级职称72人。
- 鄄城县人民医院
- 地址：老院区位于山东省菏泽市鄄城县鄄城镇肖宁街99号，新院区位于山东省菏泽市鄄城县S338。医院为公立医保定点医院，目前收录医生44位，专业科室包括内科、外科等。
- 巨野县中医院
- 地址：山东省菏泽市巨野县新城区青年路与甘棠路交汇处。医院为公立医保定点医院，擅长疾病包括高血压、冠心病、白内障、小儿哮喘、肺癌等。专业科室有外科、普外科、生殖中心、不孕不育专科、口腔科学等。
- 曹县中医院
- 地址：山东省菏泽市曹县北关。医院特色专科为中风科。
- 曹县人民医院
- 地址：山东省菏泽市曹县健康新村1号。医院特色专科未详细列出。
- 单县中医院
- 地址：山东省菏泽市单县向阳路3号。医院特色专科未详细列出。
- 东明县中医院
- 地址：山东省菏泽市东明县五四路东段135号。医院特色专科未详细列出。
- 成武县中医院
- 地址：山东省菏泽市成武县。医院特色专科未详细列出。
- 牡丹区沙土镇中心卫生院
- 地址：山东省菏泽市牡丹区沙土镇新星路181号。医院为一级甲等医院。
- 单县南城人民医院
- 地址和特色专科未详细列出。
- 单县人民医院
- 地址和特色专科未详细列出。
- 定陶县中医医院
- 地址和特色专科未详细列出。
- 鄄城县中医医院
- 地址和特色专科未详细列出。
这些医院在各自的专长领域内提供了高质量的医疗服务，并且均为医保定点医院，方便患者进行就医。建议您根据具体需求选择合适的医院进行就诊。