农村合作医疗在市区是否可以用，取决于当地的政策规定和具体的医疗机构是否为定点机构。以下是相关情况：

一般规定

• 定点医疗机构：农村合作医疗通常在县级及以下的定点医疗机构可以直接报销。这些定点医疗机构是经过相关部门认定的，能够为参合农民提供医疗服务并直接进行费用结算。

• 转诊和备案：如果需要在市区的非定点医疗机构就医，通常需要办理转诊手续或备案。例如，参合人员前往上级医院就诊，须经社区卫生服务中心转诊或街镇经办机构备案。急诊病人事后应到街镇经办机构补办备案手续。

特殊情况

• 市级统筹地区：在一些实行市级统筹的地区，农村合作医疗的使用范围可能会扩大到市区的定点医疗机构。例如，上海市自2015年起实行新农合市级统筹，参合人员可以在全市范围内的定点医疗机构就医，并享受统一的补偿政策。

• 跨市就医：在一些情况下，农村合作医疗也可以在跨市的定点医疗机构使用，但通常需要提前办理相关手续，并且报销比例可能会有所不同。

建议

• 咨询当地医保部门：由于各地政策可能存在差异，建议参合人员在就医前咨询当地的农村合作医疗管理部门或医保部门，了解具体的使用政策和报销流程。

• 选择定点医疗机构：尽量选择农村合作医疗定点医疗机构就医，以便享受直接报销的便利。

综上所述，农村合作医疗在市区的使用情况需要根据当地的政策规定和医疗机构的定点情况来确定。参合人员在就医前应了解相关政策，并按照规定办理必要的手续。