以下是中国最好的质子重离子医院排名：

1. 上海交通大学医学院附属瑞金医院 ：综合实力位于国内前列，拥有先进的质子重离子治疗设备及技术，擅长多种恶性肿瘤的诊治，在肺癌、肝癌等领域具有较高的学术影响力。

2. 复旦大学附属肿瘤医院 ：三级甲等专科医院，致力于肿瘤预防、诊断和治疗研究，在质子重离子放射治疗方面处于领先地位，尤其擅长头颈部肿瘤的治疗。

3. 中国医学科学院肿瘤医院 ：中国领先的癌症防治中心，集医疗、教学、科研于一体，在质子重离子放射治疗领域积累了丰富的经验，能够有效治疗多种类型的实体瘤，如宫颈癌、食管癌等。

4. 浙江省肿瘤医院 ：三级甲等肿瘤专科医院，专注于肿瘤的早期筛查、精准诊治和康复管理，具备先进的质子重离子放射治疗系统。

5. 上海质子重离子医院 ：国内第一家同时拥有质子和重离子两种高端放射治疗技术的医疗机构，位于上海市浦东新区康新公路4365号。

6. 河北涿州一洲肿瘤医院质子中心 ：集医疗、教学、科研、预防和康复于一体的三级肿瘤专科医院，坐落于河北省涿州市码头镇301保障基地，紧邻北京，交通便利。

7. 甘肃武威重离子医院 ：位于甘肃省武威市凉州区清源镇，是国内较早引进质子治疗系统的医院之一。

8. 甘肃兰州质子重离子医院 ：位于兰州市城关区雁滩北面滩，是甘肃省内的重要质子治疗中心。

9. 台湾林口长庚医院质子重离子中心 ：位于台湾新北市林口区，是大华人地区唯一能够提供四间360°各角度照射治疗室的质子中心。

10. 台湾高雄长庚纪念医院质子重离子中心 ：位于台湾高雄市，也是大华人地区重要的质子治疗中心之一。

这些医院在质子重离子治疗领域均具有较高的学术影响力和丰富的临床经验，患者可以根据自身情况和需求选择合适的医院进行治疗。