选择三甲医院还是眼科医院进行眼睛手术，需要根据多种因素综合考虑，以下是两者的对比分析：
专业程度
眼科医院：眼科医院通常专注于眼部疾病的研究和治疗，具有更高的专业程度。例如，中山大学中山眼科中心是中国第一家集医疗、教学、科研、防盲治盲于一体的现代化多功能眼科中心，其在眼科领域的专业程度和综合实力都非常突出。
三甲医院：三甲医院是综合性医院，虽然眼科也是其中的一个重要科室，但其专业程度可能不如眼科医院。不过，一些大型三甲医院的眼科也非常优秀，如首都医科大学附属北京同仁医院的眼科是国家重点学科。
医疗设备
眼科医院：眼科医院通常会配备先进的眼科检查和手术设备，以满足各种眼科手术的需求。例如，温州医科大学附属眼视光医院拥有先进的飞秒激光设备、准分子激光设备等，为近视手术等提供了有力的技术支持。
三甲医院：三甲医院的医疗设备也比较先进，但可能在某些眼科专用设备上不如眼科医院齐全。不过，三甲医院的设备通常也能够满足常见眼科手术的需求。
手术经验
眼科医院：眼科医院的医生通常具有丰富的眼科手术经验，因为它们每天都会处理大量的眼科手术病例。例如，天津市眼科医院每年开展的手术量非常大，医生的手术经验相对丰富。
三甲医院：三甲医院的眼科医生也有一定的手术经验，但可能在某些复杂的眼科手术上经验不如眼科医院的医生丰富。
术后护理
眼科医院：眼科医院通常会提供更专业的术后护理服务，因为它们对眼部手术的护理有更深入的了解。例如，中山大学中山眼科中心为患者提供了详细的术后护理指导，包括用药、饮食、生活习惯等方面的建议。
三甲医院：三甲医院的护理团队也非常专业，但可能在眼科护理方面不如眼科医院的护理团队专业。
综合实力
眼科医院：眼科医院在眼科领域的综合实力通常较强，能够提供全面的眼科医疗服务。例如，温州医科大学附属眼视光医院不仅在医疗方面表现出色，在教学、科研等方面也有很高的成就。
三甲医院：三甲医院的综合实力较强，能够提供多学科的综合治疗。例如，首都医科大学附属北京同仁医院不仅眼科实力强，耳鼻咽喉科等其他科室也非常优秀。
综上所述，如果您的眼部疾病比较复杂，或者需要进行高难度的眼科手术，建议选择专业的眼科医院，如中山大学中山眼科中心、温州医科大学附属眼视光医院等。这些医院在眼科领域的专业程度、医疗设备、手术经验等方面都具有明显优势。如果您的眼部疾病比较常见，或者需要综合考虑其他身体状况，可以选择综合实力较强的三甲医院，如首都医科大学附属北京同仁医院等。