新疆三甲医院排名如下：

1. 新疆自治区人民医院 ：这是一家大型综合性三级甲等医院，集医疗、教学、科研、预防、保健和社区卫生服务为一体。它始建于1934年，并荣获了众多荣誉称号，如“全国文明单位”、“全国百佳医院”等。

2. 伊犁州友谊医院 ：位于伊犁州，是一所重要的医疗机构。

3. 喀什地区第一人民医院 ：在喀什地区享有较高的声誉。

4. 石河子大学医学院第一附属医院 ：石河子大学医学院的附属医院，综合实力较强。

5. 克拉玛依市中心医院 ：位于克拉玛依市，是当地的重要医疗机构。

6. 昌吉州人民医院 ：昌吉州的主要医疗机构之一。

7. 新疆医科大学第一附属医院 ：这是一家大型综合性三级甲等医院，集医疗、教学、科研、预防和管理为一体。它也是新疆维吾尔自治区首家通过JCI认证、HIMSS EMRAM 6级评审和AAALAC评审等国际认证的公立医院。

8. 新疆医科大学第二附属医院 ：建于1954年，是一所省级综合型三级甲等医院。

9. 新疆阿克苏地区第一人民医院 ：位于阿克苏地区。

10. 新疆维吾尔自治区中医医院 ：这是一家专注于中医治疗的医院。

11. 昌吉回族自治州人民医院 ：昌吉州人民医院成立于1952年，是当地的重要医疗机构。

12. 巴音郭楞蒙古自治州人民医院 ：位于巴音郭楞蒙古自治州。

13. 乌鲁木齐儿童医院 ：位于乌鲁木齐市，专注于儿童医疗。

14. 新疆兵团医院 ：位于乌鲁木齐市青年路232号，是一所公立医院。

15. 新疆自治区人民医院北院 ：位于乌鲁木齐市沙依巴克区阿勒泰路393号，是自治区人民医院的一个分院。

16. 新疆佳音医院 ：这是一家在新疆享有较高声誉的医院。

这些排名基于不同来源的信息，包括医院的综合实力、患者评价、医院公信力等因素。建议您在选择医院时，可以综合考虑这些因素，以获得更全面的了解。