南京医科大学与南京大学合并的问题涉及多方面的考量，以下是一些主要原因：

1. 综合实力差距 ：在早期，南京医科大学的综合实力相对较弱，尤其在科研实力和知名度上与南京大学存在明显差距。这导致南京大学最初拒绝了合并提议。

2. 学科结构和发展方向的不同 ：医学类院校与综合性大学的学科结构和发展方向有显著不同。合并可能会导致南京医科大学在医学领域的优势被稀释，从而影响其在医学教育和科研方面的进一步提升。

3. 校内师生态度 ：南京大学的师生担心合并后南京医科大学的加入会拉低学校的整体排名和声誉，而南京医科大学的师生则认为独立发展更有利于其在医学领域的深入探索和专注研究。

4. 地方政策和期望 ：地方政策可能对合并产生影响。例如，苏州市对南京大学的医学院有强烈的支持和期望，这可能使得南京大学在合并问题上更加谨慎。

5. 合并的必要性 ：如果合并不能带来显著的学术或资源上的优势，那么合并的动力就会减弱。历史上，尽管两所学校有过合并的讨论，但由于合并的必要性不高，这些讨论最终都没有实现。

6. 历史背景和渊源 ：南京大学和南京医科大学都有着深厚的历史背景，尤其是与前朝KMT的关联。这种历史渊源可能也影响了合并的决策。

7. 其他大学的成功案例 ：浙江大学、北京大学、复旦大学等名校在合并医科大学后，其实力都有了显著提升，这使得南京大学在综合排名上受到了挑战。

综上所述，尽管南京医科大学曾三次与南京大学探讨合并事宜，但由于上述多种原因，合并最终未能实现。南京医科大学选择独立发展，专注于医学领域的深入探索和专注研究，这也使其成为国内医学教育领域的重要力量。