南京大学和南京医科大学在多个方面存在明显的区别：
- 排名和综合实力 ：
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南京大学在全国的排名较靠前，2022年排名全国第6名，而南京医科大学排名全国第54名，差距较大。
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南京大学是教育部直属的985高校，综合实力较强，而南京医科大学隶属于江苏省教育厅，虽然实力也很强，但在排名和综合实力上相对较弱。
- 办学宗旨 ：
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南京大学是一所综合性大学，涵盖多个学科领域。
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南京医科大学则是一所医科类专业性大学，主要聚焦于医学教育和研究。
- 学科设置 ：
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南京大学有67个重点学科，涵盖广泛。
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南京医科大学有3个重点学科，主要集中在医学领域。
- 在校人数 ：
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南京大学在校人数在4到5万之间。
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南京医科大学在校人数在1到2万之间。
- 录取分数线 ：
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南京大学在江苏的录取分数线较高，2022年历史类最低分612分，物理类最低分637分。
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南京医科大学在江苏的录取分数线较低，2022年历史类最低分542分，物理类最低分546分。
- 医学院 ：
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南京大学医学院历史悠久，但自1951年起没有医学院，直至1984年重建，1987年重建南京大学医学院。
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南京医科大学自1934年成立以来，一直设有医学院，且医学教育连续不断。
- 地理位置 ：
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南京大学位于江苏省南京市，具体校区包括鼓楼、浦口、仙林等。
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南京医科大学在江苏省内设有多个校区，如江宁、五台、连云港等。
- 合并历史 ：
- 南京医科大学曾几度与南京大学擦肩而过，最终选择独立发展，保持其在医学领域的专注和深入探索。
总结 ：
南京大学和南京医科大学在排名、综合实力、学科设置、在校人数、录取分数线、医学院历史、地理位置以及合并历史等方面存在显著差异。南京大学作为一所综合性、985高校，在全国排名和综合实力上均优于南京医科大学，而南京医科大学在医学教育和研究方面具有明显优势，且有着悠久的历史和连续的医学教育传统。选择哪所学校更好，取决于个人的学习目标和职业规划。如果希望从事科研或综合性工作，南京大学可能更适合；如果希望成为临床医生，南京医科大学可能更有优势。
