上海儿科消化科最好的医院包括以下几家：
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复旦大学附属儿科医院 ：在2021复旦版医院专科榜中小儿消化科排名第1，是全国最好的儿科专科医院之一，具有极高的权威性和知名度。
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上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心 ：在2021复旦版医院专科榜中小儿消化科排名第5，也是全国知名的儿科专科医院。
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上海交通大学医学院附属新华医院 ：其儿科创建于1955年，是国家级重点学科，覆盖儿科学整个学科体系的各亚专业。
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上海市儿童医院 ：其消化科是医院重点学科，擅长儿童炎症性肠病、肝病、艰难梭菌感染及其他儿童疑难消化系统疾病的综合诊治。
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仁济医院 ：消化内科在全国排名靠前，具有较强的综合实力和口碑。
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瑞金医院 ：其消化内科也是全国知名的科室之一。
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中山医院 ：消化内科同样具有较高的专业水平和声誉。
这些医院在儿科消化科领域都有较高的专业水平和丰富的临床经验，建议根据具体需求和医院的优势科室进行选择。如果考虑复旦版医院专科榜的排名，复旦大学附属儿科医院和上海儿童医学中心是首选。如果关注医院的历史和综合实力，上海交通大学医学院附属新华医院和上海市儿童医院也是很好的选择。