普宁由揭阳代管的原因涉及历史沿革、地理条件、行政策略等多方面因素，具体分析如下：

一、历史与行政划分因素

1. 历史积淀与行政传统

   揭阳是历史悠久的古县市，其行政历史远早于普宁。普宁在历史上曾长期隶属汕头，后因行政区划调整归揭阳管辖。这种历史积淀导致两地存在深厚的行政关联认知。

2. 行政层级与权限差异

   普宁作为县级市，行政级别与揭阳（地级市）存在差异。县级市通常保留较大的自主权，而地级市对县级市有直接管理权。但普宁目前仍由揭阳代管，主要因以下原因：

   • 两地同属广东省，行政调整需遵循省级政策；

   • 普宁未达到独立设市的经济、人口等指标。

二、地理与经济因素

1. 地理位置与交通条件

   揭阳拥有榕江直通汕头港的港口优势，便于对外贸易和物流发展。普宁虽经济总量较大，但缺乏港口等基础设施，地理条件相对劣势。

2. 经济实力与资源整合

   揭阳在历史上曾通过行政手段整合普宁资源，如征收建设资金、接管烟草市场等。这种资源整合能力使其在行政竞争中占据优势。

三、政策与行政策略因素

1. 省级政策与区域协调

   广东省为平衡区域发展，允许经济较发达的县级市保留现行行政级别，通过代管方式实现资源共享和协同发展。这种政策设计既保留了县级市的发展活力，又避免了行政层级过度膨胀。

2. 历史遗留问题

   1970年代揭阳设市时，普宁因财政、行政能力不足被划归代管。虽然后续经济快速发展，但行政区划调整需综合考虑历史协议和现实条件，因此代管关系延续至今。

总结

普宁由揭阳代管是历史、地理、经济和政策等多因素共同作用的结果。尽管存在争议，但这一安排符合广东省的行政管理逻辑。未来若普宁达到独立设市条件，代管关系可能发生变化。