褐色分泌物、小腹微痛、腰疼，可能是月经来临、排卵期出血、盆腔炎等原因引起，应针对引发的原因采取治疗措施。

1、月经来临：可能是因为月经刚来临，由于子宫内膜脱落较少，伴随着分泌物一起排出时，所以会呈现褐色分泌物，而且月经来临后由于体内的前列腺素明显增高，对腰腹部造成刺激，所以会诱发小腹微痛、腰痛。通常不需要采取特殊的治疗，要做好局部的卫生和清洁措施，内裤和卫生巾要经常更换，以免细菌滋生后诱发炎症反应，月经来临期间不可以有性生活。

2、排卵期出血：多数是因为排卵期体内的雌激素和孕激素水平发生变化，由于子宫内膜失去激素的支撑，导致内膜少量脱落，伴随分泌物一起排出，所以会出现褐色分泌物、小腹微痛、腰疼。偶尔的排卵期出血，不采取特殊的治疗，注意局部的卫生清洁即可，如果经常有排卵期出血，可以在医生的指导下给予孕激素类的药物治疗，比如地屈孕酮片、醋酸甲羟孕酮片等。

3、盆腔炎：是因为自身的免疫功能下降，导致病原微生物入侵，诱发的炎症反应，常见的致病菌为沙眼衣原体、淋病奈瑟菌、支原体等，由于炎症刺激，所以会引起褐色分泌物、小腹微痛、腰疼。发病时需卧床休息，随后还可以在医生的指导下给予抗生素类的药物治疗，比如多西环素、阿奇霉素、米诺环素、甲硝唑等，严重者还可以选择肌肉注射治疗，例如头孢西丁钠、头孢曲松钠等。

褐色分泌物、小腹微痛、腰疼的患者，要做好局部的卫生和护理措施，经常更换内裤，防止病原微生物滋生后诱发炎症反应，每天可以使用温水清洗局部。