乙肝患者吃恩替卡韦可使乙肝病毒DNA转为阴性，但是通常不能使乙肝表面抗原转阴，只有极少数患者通过长期治疗有可能出现乙肝表面抗原的转阴。
由于恩替卡韦对乙型肝炎病毒多聚酶具有抑制作用，可以抑制体内病毒繁殖和复制。经规范用药后，可将乙肝病毒DNA定量转为阴性，表明此时的乙肝病毒复制不活跃，几乎没有传染性，提示抗病毒治疗有效。
但是恩替卡韦是不能直接使乙肝表面抗原转阴的，目前，部分患者通过长期或与干扰素联合治疗，有可能达到表面抗原转阴的作用。
对于乙型肝炎的治疗，目前一般多以达到控制病情为主要目标，也就是通过规范应用抗病毒药物，控制乙肝病毒复制、炎症和纤维化，防止肝炎进一步发展，防止肝脏病变，较大程度上降低肝硬化及肝硬化远期并发症的出现，降低肝癌的发生概率。
因此，对于乙型肝炎的治疗，一般是以口服抗病毒药物，控制病毒复制为主要治疗原则，并且定期检查肝功能、乙肝病毒DNA、甲胎蛋白、上腹部彩超等项目。在日常生活中，也要注意不要抽烟、饮酒，尽量不要熬夜，以免加重肝脏代谢负担。
