扁桃体角化症，一般的病因有以下三个方面：
第一个是真菌感染，通过细菌检查可以发现有纤毛菌群，主要是一些真菌类的细菌，又称为咽部真菌病或者是扁桃体真菌病；第二个是一些慢性炎症，比方说慢性炎症刺激，或者是口腔的一些慢性的刺激，像周围的一些鼻窦炎、咽炎刺激扁桃体的隐窝，一些脱落的上皮造成了角化，形成了扁桃体的角化症；第三个是全身疾病的表现，全身的角化症的表现，上皮组织因为发生了角化，发生的扁桃体组织形成了扁桃体角化症。
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