因为牙齿在发育过程中有些形成牙齿的上皮组织陷落在颌骨骨组织以内，后期在各种不良刺激的作用下，这些上皮组织增殖、液化产生的分泌液导致周围的骨吸收，就形成了颌骨囊肿。所以囊肿本身是一个上皮性的良性病变，发生癌变的概率是很小的。
囊肿发生癌变首先需要经过很长的时间，有反复的多种不良的刺激，主要是手术以后的反复复发、反复的炎症感染。其次是外界的一些不良刺激，比如药物或者是机械的作用。总的来看颌骨囊肿发生癌变概率很小，但是如果一个囊肿经过治疗以后反复发生，再加上有外界各种炎症或者机械不良刺激，本身发生癌变也是有可能的。
