心脏畸形的原因多半是先天因素。在母体或是在胎儿阶段，一般在妊娠头三个月阶段是心脏形成的关键时期。如果在这个时期受到一些感染或是不良因素的影响，可能就会造成心脏发育出现问题，形成各种各样的心脏畸形。
心脏畸形或者先天性心脏病也可能与遗传或者基因相关，比如基因突变的问题，可能会造成先天性心脏病的发生。
在妊娠头三个月的时候应该要重点关注，要避免感染、避免服用一些药物等造成心脏畸形。
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