男性衣原体阳性表明可能存在非淋菌性尿道炎，是比较严重的。
在早期通常会引起明显的排尿不适症状，比如排尿疼痛、尿频、尿道烧灼感。也会导致阴茎局部出现肿胀和疼痛，将会对患者的生活造成一定的影响。
如果感染进一步加重，没有及时进行控制，还有可能会引起附睾炎、前列腺炎、直肠炎等并发症。在严重时，甚至会影响到男性的生育能力。
因此在出现衣原体阳性的结果后，应尽早进行治疗，主要是以抗感染治疗为主。在治疗过程中应禁止性生活，避免出现交叉感染。
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