慢性肠炎可由急性肠炎迁延或反复发作而来，病程多在两个月以上，由环境、感染、免疫等多重因素导致。
慢性肠炎的主要治疗方法为抗菌治疗和对症治疗。大部分慢性肠炎通过积极治疗预后良好，如细菌、真菌、寄生虫感染所导致的慢性肠炎患者，可通过抗细菌、抗真菌、抗寄生虫等治疗而缓解。腹痛、肠痉挛的患者可给予解痉止痛药物治疗。
出现电解质紊乱时，应积极补液，纠正酸碱失衡。当同时存在肠道菌群失调时，可以补充益生菌，以改善肠道微生态。
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