支原体肺炎后期咳嗽的原因如下：
一、支原体感染，容易引起患者出现反复干咳，且咳嗽的时间较长，可以长到三周以上。所以支原体肺炎的后期，会出现反复咳嗽。
二、支原体感染以后，会导致气道的反应性、敏感性增高。
三、在受到刺激因素以后，也容易引起咳嗽，如冷空气、刺激性烟雾等。
支原体肺炎后期咳嗽可以使用抗支原体药物、止咳药物进行治疗。随着支原体在体内被清除，患者咳嗽的症状会慢慢恢复。
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