脑炎患者的临床症状多种多样，非常复杂。
一般而言，病前多有前驱感染史，如发热、咽痛、咳嗽、肌痛、疲乏及全身不适症状。可以有颅高压表现，如头痛、恶心、呕吐、精神行为异常和人格改变，如错觉、虚构、懒散、情感淡漠、缄默、幼稚、行为冲动或怪异、幻觉、妄想等。
还可以有不同程度的神经功能损害，如偏瘫、偏盲、眼肌麻痹等局灶性症状。亦可以有多种形式的椎体外系表现，如扭转、手足徐动或舞蹈样动作。常常伴有癫痫发作，重症患者可呈癫痫持续状态。
重症患者可以出现不同程度的意识障碍，表现为意识模糊、嗜睡、昏迷，或者表现为去皮质或去大脑强直状态。
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