新生儿肺炎可以由宫内、分娩过程中或出生以后产生，是由细菌、病毒、真菌、原虫、衣原体、支原体等引起。
宫内感染性肺炎，又称先天性肺炎，主要的病原体为病毒，比如风疹病毒、巨细胞病毒等，常有母亲妊娠期间原发感染或潜伏感染复燃，病原体经血行通过胎盘感染胎儿。
分娩过程中感染性肺炎，比如胎膜早破24小时以上，胎儿分娩时，通过产道吸入污染的羊水或母亲的宫颈分泌物造成感染。
出生以后感染性肺炎，包括呼吸道途径和医源性途径。
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